Analyst 软件基操作培训教程

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美国应生物系统中国公司 Analyst 软件基操作培训教程

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关教程说明：

教程应生物系统中国公司中国客户培训辅助材料

教程仅提供应生物系统中国公司培训合格操作员

教程容仅限 Analyst 软件基操作部分

教程解释权美国应生物系统中国公司

版号：A Analyst 软件基操作培训教程

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目 录
I PPG 质量校准
1．手动质量校准
2．动质量校准

II A针泵进样 ESI 源 MSMS 方法手动优化
1．确定母离子：Q1 单级质谱实验（Q1 全扫描）
2．确定子离子：碎片离子扫描（Product Ion Scan）
3．碎片离子扫描 CE 单参数优化
4．母离子扫描（Precursor Ion Scan）
5．中性丢失扫描（Neutral Loss Experiment）

II B 针泵进样 ESI 源 MRM 定量方法手动优化
1．确定母离子：Q1 单级质谱实验（Q1 全扫描）
2．检查信号稳定性
3．确定子离子：碎片离子扫描（Product Ion Scan）
4．优化 MRM 定量分析质谱参数

III 针泵进样 ESI 源 MRM 定量方法参数动优化
1．确定母离子：Q1 单级质谱实验（Q1 全扫描）
2．检查信号稳定性
3．定量参数动优化
31 MRM 动优化设置
32 MRM 参数动优化程
33 MRM 电压参数动优化例子

IV 离子源 TIS 连液相流动注射手动优化

V 离子源 TIS 连液相流动注射动优化

VI LCMSMS 方法批文件建立
1．调节离子源位置
2．建立采集方法 Acquisition Method
3．建立采集定量分析批文件 Acquisition Batch Analyst 软件基操作培训教程

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VII 定量分析方法建立数分析
1．建立定量分析方法
2．查编辑定量结果表

VIII 质谱数定性分析
1．开 TIC 数文件谱图图块处理图块工具栏图标
2．图形信息窗口
3．色谱图图块 中鼠标右键
4．质谱图图块 中鼠标右键
5． Explore 工具栏余键

IX Import and Export with Excel 教程

X 3Q 仪器维护简明手册
1．死机处理 9 步骤
2．机器电路模块图
3．开诊断软件
4．确定喷雾口 ORIFICE 位置
5．维护计划
6．机械泵维护
7．堵判断处理方法
8．空气滤网清洗
9．清洗 Curtain PlateOrificeSkimmer Q0
10．定期做质量校正
11．PPG 标准试剂准备
12．延长分子泵寿命
13．常部件号
14．常工具
15．常试剂

XI 3Q 仪器开关机步骤 Analyst 软件基操作培训教程

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I PPG 质量校准
教程包括 Analyst 软件中进行动手动质量校准教程校准工作选定
API Instrument Project 完成(质量校准 Project 进行)

1 手动质量校准
11 开软件连机进入手动调谐状态调出已质量校准方法
a Project 工具条中选择 API instrument
b 硬件配置 Hardware Configure 菜单 Active 激活 MassSpecOnly ( 连质谱机 )

硬件配置表中 MassSpecOnly 出现绿勾表示 API 质谱仪机计算机通讯正常关
闭 Hardware Configuration Editor

c 点击左边工具菜单 Navigation Bar Tune 进入调谐模式：
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d 然方工具条中 T 钮仪器进入 Tuning 状态：

时应听见扑开气声音Exhaust Gas12 时已开仪器处状态
( Ready )软件右角硬件图标绿色：


e 双击左边工具菜单 Navigation Bar 中 Manual Tuning开空白质谱参数设置
运行窗口进入手动调谐模式：




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f 点击 File open 钮

选择 Acquisition Method 开四极杆质量校准方法文件列表(：Q1PosPPGdam
Q1NegPPGdamQ3PosPPGdamQ3NegPPGdam 方法文件文件名)

根校准目标(Q1 正离子Q1 负离子Q3 正离子Q3 负离子)选择相应方法
开
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该方法会出现 Tune Method Editor 换现质谱参数设置运行窗口容：

12 进质量校准溶液调离子源喷雾针位置
质谱参数设置运行窗口容显示值应安装工程师设定质量校准方法值
a 仪器测定极性质量校准溶液：
a1 负离子校准：针泵流速 10 uLmin
API 1XX3 XX API 2000API 3200API 3000API 4000 PPG 3000 标准液
API 5000 稀释 10 倍 PPG 3000 标准溶液 Analyst 软件基操作培训教程

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a2 正离子校准：针泵流速 5 uLmin
API 1XX3 XX API 2000 PPG 标准溶液
API 3000API 3200稀释 10 倍 PPG 标准溶液
API 4000 稀释 50 倍 PPG 标准溶液
API 5000 稀释 60 倍 PPG 标准溶液

b 配质量校准溶液吸入针筒开针泵进行连续进样：
b1 API 2000API 3200整合仪器针泵 Analyst 软件中 Syringe Pump
Method 进行设置 输入流速 5 10确认单位 ulmin设定针筒部
直径尺寸：1ml 针筒径 461mm点击 Start Syringe 开针泵
b2 API 3000API 4000API 5000独立外置针泵设定流速 5 10确认单位
ulmin设定针筒部直径尺寸：1ml 针筒径 461mm Start 开
针泵
c 调整离子源喷雾针位置保证喷雾流边缘距气帘挡板孔 2 mm运行分钟衡
d PPG 稀释液配制：
准备二烧杯：1杯中放 499 毫升水加 154 毫克乙酸铵轻摇完全溶解
2杯中放 499 毫升甲醇 加 01 亳升甲酸加 01 毫升乙腈
3确认乙酸铵完全溶解溶液 1 溶液 1 混合起
终浓度：50 甲醇50 水 01甲酸 01乙腈 2mM 乙酸铵
e PPG 3000 稀释液配制：
准备二烧杯：1杯中放 499 毫升水加 385 毫克乙酸铵轻摇完全溶解
2杯中放 499 毫升甲醇加 01 毫升甲酸加 01 毫升乙腈
3确认乙酸铵完全溶解溶液 1 溶液 1 混合起
终浓度：50 甲醇50 水 01甲酸 01乙腈 50mM 乙酸铵

13 采集 PPG 标准品质谱数
质谱参数设置运行窗口中回 MS method点击 Start MCA ON 方式采集 10
Cycles数采集时窗口部出现二实时数图：左边 TIC(总离子流图)右边质
谱图
右边质谱图中鼠标右键出现菜单选菜单中 Open file：
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张扫描区独立质谱峰质谱图：

点亮中 PPG 质谱峰图(图边会加兰框)然 Tools 菜单中选 Calibrate
From Spectrum (工具条点击 Calibrate from spectrum 钮）

出现 Mass Calibration Options 窗口： Analyst 软件基操作培训教程

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应保证 Peak Search Parameters 参数图相 Standard 选择合适标准品类
型 PPGs Pos(正离子) PPGs Neg (负离子)校准目标设备(Instrument) Q1 Q3目
标分辩率(Resolution)单位分辨率 Unit (半峰宽 07±01amu)高分辨率 High(半峰宽
05±01amu)正校准 Polarity 正离子负离子会动采样方法中设定
致
右部次校淮标准质谱峰理质量数果数峰数质量峰
符修改校准表：点击 Edit 出现 Reference Table Edit 窗口
表列出校准 PPG 峰理质量右边勾表示选中作校准
点允许加选表中 PPG 校准点重新选择必须 Update Ref完成重建
新校准点表
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14 质量校准数计算
关闭 Reference Table Edit 窗口回 Mass Calibration Option 窗口点击 Start 已采
集 PPG 数进行校准计算结果图：

结果图中三栏：栏显示次校准理值质量偏差 (mass shift)中栏显示
PPG 校准峰半峰高宽度 ( FHWM )栏显示次校准次校准 PPG 校准点峰强度
变化百分印第二份更详细校正表包含 Expected MassFound MassMass
ShiftPeak WidthPeak Width ShiftIntensity Change DAC 等信息
次仪器安装期间校准数进行较强度否明显变化果仪器运行正
常离子强度变化应 15 PPG 离子峰宽变化应 01 离子峰宽
变化 01应进行手动调整：Analyst 设定单位分辨率 07±01 amu高分辨率 05±
01 amu两种分辨率均达位素峰分离低分辨率模式约 11amu时采集
数低位素峰位素峰分离

高分辨率单位分辨率必须分做质量校准
低分辨率质量校准曲线单位分辨率样单独做质量校准

15 手动调整分辨率
果某 PPG 峰宽超出分辨率范围应进行手动调整
关闭质量校准窗口回质谱参数设置运行窗口点击 Resolution 标签找 Advanced
钮出现 Resolution Table 含校正 PPG 离子质量数相应 DC Offsets 值（图）
调整 Offset 值会影响分辨率增加 Offset 值会增加离子四极杆中循环数离子强度
会降低峰形更窄分辨率更
Offset 值进行细微调整步变化 0003分辨率偏减 Offset 分辨率偏增加
Offset改变 Offset 值 Apply 钮开始采数时 Yes 确认保存修改
采集数（10 scans MCA ON ）然校准确定分辨率否改善( 13 14
描述)重复步骤直离子合分辨率范围
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16 质量校准
Offset 值设定合适 PPG 离子分辨率范围进行质量校准
采集次 PPG 校准数计算分辨率质量偏差(重复 13 14)离子质
量偏差士 01amu 范围新校准应视通重新校准离子质量偏差超
出 01amu 范围更新校准曲线： Mass Calibration Report Replace(换)
Update(修改)钮进行更新软件系统会提示否新校准曲线换已存校准曲线
出现提示时回答Yes
Update Mass Calibration 钮允许加入校正数点已存数点进行修
改新数点会动加入次校准中没校点保持变
Replace Mass Calibration 钮次校准点组成新校准曲线代原校准曲线
次校准中没校点全部取消

*2 动质量校准
21 动质量校准设定
手动质量校准外Analyst 软件进行动分辨率优化关闭质谱参数设置
运行窗口保持仪器应处 T 调谐状态方工具条 Resolution Optimization 钮：


出现 Resolution Optimization Options 窗口： Analyst 软件基操作培训教程

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Standards 拉进行选择：正离子 PPGs Pos负离子 PPGs Neg
Search Range 控制校正峰峰搜寻范围限制值 05 or 1 amu 防止软件峰簇
中选择外强峰
Threshold 般 200 cps

QuadResolution 选择 Q1 Q3 进行校正两选勾先 Q1 Q3
进行校正选勾 Unit High 分辨率两选择 Q 进行两种分辨率校正
应选勾 Mass Calibrate on Success保证 Resolution Offset 调节动进行质量校
准更新质量校准曲线
Update Mass Dependent Parameters 选项仅适 API 2000 API 3200参数 CEP 质量
相关动校准程中会进行估算Analyst 软件会采集方法中 CEP 专门定时
估算值加实验方法中功 Reference Table Edit 中选两 PPG 质量
点然选勾 Update Mass Dependent Parameters优化分辩率做完质量校准
Analyst 软件会优化值修改 Parameter Settings Table 中相应参数
点击 Reference Edit 开 PPG 峰理质量数表选择意套离子进行校正（般
说建议选择安装时选择套离子）校正范围超 2000 amu 时应加入高质量离
子
勾标准点会动进行分辨率优化做质量校准
API 2000API 3200选勾 Update Mass Dependent Parameters 次动
校准时质量点填入方 Low High 中然点击 Update Ref 钮
选校准点设 Low High 点击 Close
回 Resolution Optimization Options 窗口设置 Unit ( High)校正 Q1 Q3 正离子(
负离子)方式正负离子时优化 Unit HighQ1 Q 3 时优化 Analyst 软件基操作培训教程

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Q1Q3 动校准方法安装工程师生成方法文件事先存
API Instrument project Acquisition Methods 方法子目录

校准标准溶液流速见 12 进质量校准溶液调离子源喷雾针位置
API 3000API 4000API 5000 先开独立针泵API 2000API 3200先 Manual
Tuning 中开整合仪器针泵检查 PPG solution 否进入 MS溶液够维持进样 5
10 分钟
点击 Start 开始

22 动优化结果
动优化程中Analyst 程序会 Resolution Offset 值进行微调整峰分辨
率指标范围优化程中会产生文文件记录半峰宽变化观察文
件显示数监测运行全程 Analyst 20 次循环达指标范围
Analyst 会中止运行达求文件会显示成功完成质量校准停止采集数

API 2000API 3200选勾 Update Mass Dependent Parameters 成功完成质量
校准会 CEP 设定高低两 PPG 峰分进行单参数寻优( Ramp )佳
值
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窗口份完成动分辨率优化报告注意次校准点半峰宽相应 Offset
值变化完成校正印该窗口关闭 Report出现否需保存结果’提示：
点击 Yes 话会修改原分辨率 Offset 表质量校准表点击 No 会
修改
Update 前仔细评估报告保证需灵敏度分辨率位素峰分布正确
灵敏度分辨率位素峰分布理想选 No 手动质量校准方法重新进行 Analyst 软件基操作培训教程

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II A 针泵进样ESI 源 MSMS 进行手动方法优化
教程描述针泵连续进样 Manual Tuning 窗口建立进行 Product (碎片离
子扫描)Precursor (母离子扫描) Neutral Loss (中性丢失扫描)实验 4 化合物混合
物（碎片离子）溶液（10ml浓度 1ngµl ）行选择化合物配置

1 确定母离子：Q1 单级质谱实验（Q1 全扫描）
a 选择 Project
b 点击 Hardware Configuration激活 MassSpecOnly API 2000API 3200硬件配置
文件中质谱机中应选择 Integrated Syringe Pump
c 先点击 T 双击 Navigation Bar ManualTuning
d 激活（开动）装化合物 Syringe Pump (10 µLmin)：
API 3000API 4000API 5000手动
API 2000 API 3200 通 Analyst 软件控制
e Scan Type 拉菜单中选择 Q1 Scan (Q1 全扫描)Positive(正离子)
f 气体设定推荐值：NebGas1 8 (API 3000) or 25 (API 2000)
TurboGas2 – 0Temp – 0IS – 缺省值
g 输入质量扫描范围 (包括化合物分子离子峰)扫描时间
h 进入 Advanced MS选 Fast Profile 02 amu 扫描步距选 MCA ON
i 化合物相关参数 Compound 中 DP 40FP 250分辨率 Unit
j 检查优化离子源位置优化 Gas1 ISCurtain Gas灵敏度高
k 手动优化化合物相关参数 Compound 中 DP FP灵敏度高
l 点击 Acquire 采集 Q1 单级质谱数存盘
m 方法存盘取名 generic Q1 infusion

谱图中四化合物分子离子 MZ 分 251226502792 3112进行子离
子扫描寻找某碎片离子 Analyst 软件基操作培训教程

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2 碎片离子扫描（Product Ion Scan）
a 前方法文件 Scan Type 选择 Product Ion Scan
b 检查离子源条件( Q1 扫描相)Analyst 缺省值 开 CAD Gas (碰撞气)
c 设定 DPFP ( Q1 扫描相)
d 输入中母离子 Products Of 框中 3112 mz
e 设定扫描范围 40 amu 母离子 10 amu (单电荷离子) 325 mz
f Advanced MS 中设置参数选 Fast Profile 02 amu 扫描步距选 MCA off
g 进入 ResolutionQ1 选择 Low Resolution (设置会增加灵敏度正常位素分
布)
h 设置 Cycles (scans) 20MCA on然点击 Start
i 手动调节碰撞 Collision Energy (CE)便产生碎片离子分布CE 量高
会产生碎片(信息杂) CE 量低会产生碎片母离子(信息
少)
j 碰撞 CE 确定MCA onAcquire 采集数存盘然印质谱图
k 方法存盘取名：样品名 PI infusion
继续重复 dk 进行第二母离子碎实验采集数程中重新优化 CE 值
印质谱图谱图

3 碎片离子扫描 CE 单参数寻优
碎片离子扫描优化 CE 程中第二种方法采 Ramp Parameter 优化方法：
窗口中点击 Edit Ramp 选择 Collision Energy输入范围 25 (start) 61(stop)Step
2 Ramp Parameter 激活Cycles 数等优化区间 Step例中 18 scans 进行
优化 CE 实验
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点击 OK 注意： Ramp Parameter 左边框会勾点击 Acquire 开始采集数
根方法变化优化区间 Step 碎片离子质谱图记住：低 CE 易产
生碎片离子母离子高 CE 易产生碎片离子(时某化合物高 CE 会产
生差质谱图)

4 母离子扫描（Precursor Ion Scan）
母离子扫描实验会显示图谱包含产生选碎片离子母离子该实验非
常特复杂体系代谢产物化合物结构鉴定强力结构解析工具
a 选定强度高碎片(子离子)
b Scan Type 中选择 Precursor Ion Scan
c 保持离子源气体电压位置参数前面 Product Ion Scan 实验相
d 手动调节 CE 子离子扫描谱中选择产生碎片 CE 值子离子扫描
MCA 方式重复确定 CE 值 Ramp Parameter 左边框中勾掉输入
需 CE 值 Analyst 软件基操作培训教程

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e 输入碎片 MZ Precursor of 选择包括 Q1 母离子质量扫描范围设
定 Q1 Unit 分辨率Q3 Low 分辨率
f 10 CyclesMCA on点击 Acquire 采集贮存数
质谱图(图)中峰找母离子：产生碎片离子
5 中性丢失扫描 (Neutral Loss Experiment)
中性丢失常寻找失中性碎片带电荷母离子较常见失
CO2 带电荷碎片
实验中化合物言中性碎片 155样品进行 Product Ion
Scan 手动优化 CE选择灵敏度强质谱峰
图显示碎片离子扫描CE 301562 碎片离子峰强
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Scan Type 转换 Neutral Loss Scan输入优化 CE 值设定 Resolution Precursor
Ion Scan 中述输入 Loss Of 1550点击 Acquire 采集贮存数
图包括产生 155 中性碎片母离子


注 化合物碎片离子 DPFPEPCEPCE CXP
(API 2000) DPFPCE CXP (API 3000) 做完整手动动参数
优化会提高碎片离子灵敏度 Analyst 软件基操作培训教程

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II B 针泵进样 ESI 源 MRM 定量方法手动优化
教程描述 Analyst 手动建立优化 MRM 定量分析质谱参数标准品 2ml浓
度 1ngµl

1 确定母离子：Q1 单级质谱实验 (Q1 全扫描)
a 选择 Project
b 点击 Hardware Configuration激活 MassSpecOnly API 2000API 3200硬件配置
文件中质谱机中应选择 Integrated Syringe Pump
c 先点击 T双击 Navigation Bar Manual Tuning
d 激活(开动)装化合物 Syringe Ppump (10 µlmin)：
API 3000API 4000API 5000手动
API 2000 API 3200通 Analyst 软件控制
e Scan Type 拉菜单中选择 Q1 Scan (Q1 全扫描)Positive(正离子)
f 气体设定推荐值：NebGas1 8 (API 3000) or 25 (API 2000)
TurboGas2 – 0Temp – 0IS – 缺省值
g 输入质量扫描范围 (包括化合物分子离子峰)扫描时间
h 进入 Advanced MS选 Fast Profile 02 amu 扫描步距选 MCA on
i 化合物相关参数 Compound 中 DP 40FP 250分辩率 Unit
j 检查优化离子源位置优化 Gas1ISCurtain Gas 灵敏度高
k 手动优化化合物 Compound 中相关参数 DP FP灵敏度高
l 点击 Start 查质谱图存盘点击 Acquire 采集 Q1 单级质谱数存盘
m 方法存盘取名：样品名 Q1 infusion

根质谱图确定母离子 MZ 值精确数点位
注意： Acquire采集质谱图贮存某指定数文件*wiff Analyst 软件基操作培训教程

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Start 产生质谱图会存 API Instrument Project 时文件夹 Tuning
Cache 中文件名：数采集时间(精确秒)wiff

2 检查信号稳定性
样品离子出现 Q1 Scan 中 Scan Type 选择 Q1 Multiple Ions 设定 Q1 SIM
(Selected Ion Monitoring选择离子监测) 实验输入合适样品母离子 mz 值输入 采
样时间 Time 200 ms输入信号采集持续时间 20 分钟 Start 开始采集数

左部 TIC 右部 XIC 鼠标右键选 Open File 监测化合物信号稳定性鼠
标右键点击灰色条(数图标题条)改变化合物（离子）信号曲线颜色
般说信号强度 2e5 1e6 间较合适果信号没起落波动
15信号较适合优化 Analyst 软件基操作培训教程

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信号稳定性需调节：离子源位置气体参数离子源喷雾电压值

3 确定子离子：碎片离子扫描(Product Ion Scan)
a 前方法文件 Scan Type 选择 Product Ion Scan
b 检查离子源条件( Q1 MI 扫描)Analyst 缺省值 开 CAD Gas(碰撞气)
c 设定 DPFP( Q1MI 扫描)
d Products Of 框中输入中母离子 3112 mz
e 设定扫描范围 40 amu 母离子 10 amu 325 mz扫描时间 scan time 5 秒
f Advanced MS 中设置参数选 Fast Profile 02 amu 扫描步距
g 进入 ResolutionQ1 选择 Low Resolution (设置会增加灵敏度正常位素分
布)
h 动 Ramp CE 碰撞量记录碎片离子分布CE 量高会产生碎
片 CE 量低会产生碎片母离子
i MCA ONAcquire 采集数存盘然印质谱图
j 方法存盘取名：样品名 PI infusion
图中选择灵敏子离子记录优化 MRM 方法时
化合物母离子重复步骤记录相应子离子

4．优化 MRM 定量分析质谱参数
手动建立优化 MRM 定量分析质谱参数程动优化 Quantitative Optimization
程应保持样区手动参数单独优化
API 2000API 3200需列参数分寻优(Ramp)：DPFPEP CEPCE
CXP
API 3000API 4000API 5000需列参数分寻优(Ramp)：DPEP (选
项)CE CXP
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41 优化 Q1 参数灵敏度高稳定性良
监测化合物信号稳定性样 Q1 MI DPFPEP CEP (API 2000) 进行
优化 DP 进行优化 Tune Method Editor 窗口点击 Edit Ramp 钮出现窗
口：

Ramp Parameter Settings 窗口选择 Declustering Potential (DP) 减短搜寻范围
(StartStop)增加 Step 加快实验点击 OK 查 Ramp Parameter 左边框应选
勾点击 Start 离子电压曲线图

左边 TIC 右边 XIC鼠标右键选 Open File 监测化合物信号稳定性
鼠标右键点击灰色条(数图标题条)改变化合物（离子）信号曲线颜色
通箭头移动确定 DP 优化值(信号强度稳定性皆顾 X DP 值)Y 轴信号强
度需放 X Y 轴



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记录优化离子 DP 值输入 Q1 MI 方法文件中：通质量扫描范围设
定框右角鼠标右键选择 Declustering Potential (DP)采样时间 Time (msec) 栏右边会出
现标 DP 新栏输入离子优化 DP 值
回 edit ramp重复程参数进行优化：
API 20003200：DPFPEPCEP
API 300040005000：DPEP

注意 DP FP Ramp 两次相互影响次参数准

聚焦电压 FP (Focusing Potential) 寻优： Analyst 软件基操作培训教程

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Q0 电压 EP (Entrance Potential) 寻优：

CEP (Collision Cell Entrance Potential Q2 碰撞池入口电位 API20003200) 寻优：

参数优化 Q1 MI 方法中分输入 File Menu 存方法：样品名 Q1
MIdam印优化参数节实验
参数优化结束应 Ramp Parameter 左边框中选勾

42 继续优化 MRM 离子 CE CXP
3 确定子离子中确定化合物母离子子离子优化 CE CXP
a Tune Method Editor 窗口 MS 框中选择 MRM
b 输入观察母离子子离子 mz Q1 massQ3 mass 中 Analyst 软件基操作培训教程

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c 设定离子采样时间 Time 200ms
d 离子源参数 SourceGas 2 检查信号稳定性中设定
e 分辨率 Q1 Q3 均 UnitDetector 参数缺省值
f 参数 DPFPEP CEP (API 2000) 41优化值

41 中存 Q1 MI 方法开参数
碎片离子灵敏度高应碎片离子 CXP CE 进行优化先优化 CE
优化 CXP
点击 Edit Ramp 钮选择 Collision Energy 设定起始值终止值步距：

Start Acquire 开始扫描右部显示碎片子离子碰撞(CE) 优化变化高
CE 易产生碎片低 CE 易产生碎片母离子
CE (Collision Energy) 寻优：
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Tune Method Editor 窗口输入优化母离子子离子 CE 值
进行 CXP ramp 优化

CXP (Collision Cell Exit Potential) 优化：
Tune Method Editor 窗口输入优化母离子子离子 CXP 值

MRM 方法文件存 MRM 化合物名印 Tune Method Editor 窗口显示优化
参数 DPFPEPCE CXPCEP (API 2000)

重复优化化合物离子 CE CXP

混合物中离子输入 MRM 方法中存盘优化程完成
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III 针泵进样 ESI 源动优化 MRM 定量方法参数
教程描述 Analyst 动建立优化 MRM 定量分析质谱参数标准品 2ml浓
度 1ngµl

1 确定母离子：Q1 单级质谱实验（Q1 全扫描）
a 选择 Project
b 点击 Hardware Configuration激活 MassSpecOnly API 2000API 3200硬件配
置文件中质谱机中应选择 Integrated Syringe Pump
c 先点击 T双击 Navigation Bar Manual Tuning
d 激活(开动)装化合物 Syringe Pump (10 µlmin)：
API 3000API 4000API 5000手动
API 2000 API 3200通 Analyst 软件控制
e Scan Type 拉菜单中选择 Q1 Scan (Q1 全扫描)Positive(正离子)
f 气体设定推荐值：NebGas1 8 (API 3000) or 25 (API 2000)
TurboGas2 – 0Temp – 0IS – 缺省值
g 输入质量扫描范围 (包括化合物分子离子峰)扫描时间 Scan Time：5 秒10 Cycles
h 进入 Advanced MS选 Fast Profile 02 amu 扫描步距选 MCA on
i 化合物 Compound 相关参数中 DP 40FP 250分辩率 Unit
j 检查优化离子源位置优化 Gas1ISCurtain Gas灵敏度高
k 手动优化化合物 Compound 相关参数中 DP FP灵敏度高
l 点击 Start 查质谱图存盘点击 Acquire 采集 Q1 单级质谱数存盘
m 方法存盘取名：样品名 Q1 infusion

根质谱图确定母离子 mz 值精确数点位
注意： Acquire采集质谱图贮存某指定数文件*wiff
Start 产生质谱图会存 API Instrument Project Tuning Cache 子目录中文件名
：数采集时间(精确秒)wiff Analyst 软件基操作培训教程

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2 检查信号稳定性
样品离子出现 Q1 Scan 中 Scan Type 选择 Q1 Multiple Ions 设定 Q1 SIM
(Selected Ion Monitoring选择离子监测) 实验输入合适样品母离子 mz 值输入 采
样时间 Time 200 ms输入信号采集持续时间 20 分钟 Start 开始采集数

左部 TIC 右部 XIC 鼠标右键选 Open File 监测化合物信号稳定性鼠
标右键点击灰色条 (数图标题条) 改变化合物（离子）信号曲线颜色
般说信号强度 2e5 1e6 间较合适果信号没起落波动
15信号较适合优化
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1 定量参数动优化
双击左边工具菜单 Navigation Bar Tune 中 Quantitation Optimization 动进行 MS
MSMS 参数优化

MSMS 参数优化Analyst 会生成数采集文件动优化 MRM 实验
部电压参数
部分情形推荐手动优化

31 MRM 动优化设置
Instrument Settins 窗口中选择 Infusion(连续进样) MSMS Analysis Next选择
MW Ion(分子离子峰)便面输入特定分析化合物离子选择母离子子离子 需
Resolution(分辨率) 般选择 Unit 根化合物缓液性质选择合适离
子化极性：Positive 正离子Negative 负离子选勾 Auto Select (动选择子离子)然开
Criteria (子离子选择准)窗口：

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第项设定需优化子离子数般灵敏 2 3 Peaks (峰)够
第二项设定丢失质量数避开脱水片断峰(水分子量 18amu )
第三项设定碎片离子质量数
第四项设定峰高阈值般设 0
设 OK Next

然输入优化离子 Compound Name (化合物名字) MW (分子精确质量) No
Charges(带电荷数) 应输入般说分子化合物 1产生 MRM 质谱方法
文件会表中 Compound 1 (1 号化合物名)文件名(果面需重做次动优化
Quantitative Optimization 办法命名第分析物名字样容易
区分样品) Finish 开始动优化

32 MRM 参数动优化程
MRM 参数动优化程仪器关
API 20003200：先 Q1 Scan 优化 DPFPEPCEP然 Product Ion Scan 优化 CE
CXP终生成 Product Ion Scan 方法文件 Analyst 软件基操作培训教程

第 34 页 103 页
API 300040005000：先 Q1 Scan 优化 DPFP然 Product Ion Scan 优化 CECXP
终生成 Product Ion Scan 方法文件
Analyst 软件会减检测器电压 Detector Voltage信号合理范围
减检测器电压信号太请稀释做

33 MRM 电压参数动优化例子
先优化 Q1 母离子质谱参数灵敏度佳
DP 选定母离子寻优： FP 选定母离子寻优：

EP 选定母离子寻优： CEP 选定母离子寻优

然优化 Product Ion Scan 确定碎片离子：
扫描 Collision Energy 选择子离子： CXP 强子离子寻优：
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第 35 页 103 页

优化调谐程中会产生报告显示窗口该文件 MS Word (rtf)存
Acquisition Methods 子目录















产生质谱方法文件 *final_MRMDAM (*：第化合物名字)包括
优化质谱电压参数会产生优化 Q1 Product Ion 质谱方法 MRM 文件离
子源优化建立套完整方法

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第 36 页 103 页
IV 离子源 TIS 连接液相流动注射进行手动优化
1 HPLC 系统连接接柱子手动进样器液相色谱泵 TIS 离子源连











2 选择 Project
3 开 HPLC 电源点击 Hardware Configuration激活 MassSpec HPLC 配置文件
4 文件菜单开针泵连续进样优化 MRM 质谱方法列表见质谱机参数：
5 修改现方法成带液相联方法：
Acquisition Method 右角点击鼠标右键出现 AddRemove Device Method点击
出现话框：

液相泵动进样器柱温箱勾然 OK
时泵动进样器柱温箱出现列表： Analyst 软件基操作培训教程

第 37 页 103 页

存质谱方法原 MRM 方法名加 LC 示区
6 先点击 T双击 Navigation Bar Manual Tuning 开空白模板然文件菜
单开存带 LC MRM 质谱方法采集时间设 40 分钟

7 LC method 中设溶剂流速恒流 100 500 µlmin存次方法文件

注意：质谱采样时间应等液相总时间
8 先调偏离子源喷口远离气帘气挡板中心孔 Start 启动带 LC MRM 方法泵开
始工作 Analyst 软件基操作培训教程

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9 离子源加温二开加热辅助气条件调节离子源喷口液滴气帘气挡
板溅开线边缘距气帘气挡板中心孔边缘少 23 mm
10 离子源温度设 325 450℃ Gas2 设置起始点 API 2000 调 3580系统
加热少 20 钟离子源达热衡
11 调节加热辅助气气帘气挡板轻微湿润优化信噪
12 手动注射 500 pg (总量API 3000 100 pg )进 3 针确认重复性衡系统
13 确认信号稳定开始优化(灵敏度高参数值佳)
次注射间改变离子源参数 (Gas1Curtain Gas加热辅助气 Gas2)设置
CAD 碰撞气离子喷雾电压外离子源参数取决 HPLC 溶剂流速CAD 碰
撞气取决化合物稳定程度采手动优化设定通常化合物关IS 电压采手
动优化设定时取决化合物
a 1 步距调节雾化气 Nebuliser Gas 增加流量直信噪高(API 2000 约 5 psi)
b 1 步距调节气帘气 Curtain Gas 增加流量直灵敏度高降约 35 (5 psi for
the API 2000)果重复性灵敏度更关键高 Curtain Gas 较
c 默认值 100V 范围调节 IS 电压直获信噪
许离子源参数互相影响需反复细调信噪改善
d 果喷雾针温度高喷雾太快导致基线稳调节旋钮喷雾针处加热辅助
气射流外源降低温度避免出现述问题
e 检查源位置调整
佳参数确定存储方法中


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第 39 页 103 页
V 离子源 TIS 连接液相流动注射动优化
教程建立针泵连续进样条件优化产生 MRM 质谱定量方法实施没
做请参阅 II B针泵进 ESI 源 MRM 定量方法手动优化 完成 MRM 方法建立

手动优化时样品稀释 10 100 倍作次优化样品

1 HPLC 系统连接接柱子动进样器液相色谱泵 TIS 离子源连

2 选择 Project
3 开 HPLC 电源点击 Hardware Configuration激活带 MS 机泵(Pumps)动进样
器(Autosampler)配置仪器保持 Standby 状态
4 Acquire 模式 file 然开文件窗口选文件类型 Acquisition Method
定量质谱方法优化程中产生 SIM(单级 MS 定量方法) MRM( MSMS 定量
方法) 型方法文件开


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列表见质谱机参数：

5 修改现方法成质谱液相联方法：
a Acquisition Method 右角鼠标右键出现 AddRemove Device Method点击出
现话框：

b 液相泵动进样器柱温箱勾然接 OK
时泵动进样器柱温箱出现列表：

c 修改泵设置创建等梯度 15 分钟液相梯度表(流动相组成实际定量时)：

d 点击 Acquisition Method步模式 Synchronization Mode 选择 LC Sync： Analyst 软件基操作培训教程

第 41 页 103 页

f 柱温箱设：
g 离子源温度进行优化选勾 Auto Equilibrate 动衡设定 20 分钟
果离子源温度进行优化Auto Equilibrate OFF 状态
h 手动输入离子源温度 API 20003200：设定 350˚C for 02 mLmin375˚C for
03 mlmin425 – 450˚C for 04 – 05 mlmin API 3000 40005000 仪器设定
250˚C
i 点击 Experiment 开 MS Parameters输入 Duration 15 分钟(注意：质谱采样
时间应等液相总时间)Dwell Time 150 ms

修改离子源参数：
Parameter API 20003200 APl 3000 API40005000
Neb (Gas 1) 20 10 10
Aux (Gas 2) 60 7Lmin 7Lmin
Cur 20 10 10
j 进入 Advanced MS设置 Q1 Low Resolution 模式：
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k 设定动进样器进样量洗针位置(实际做定量分析时相)：

l 贮存质谱方法原 MRM 方法名加 LC 示区

6 关闭方法文件窗口
7 IV 离子源 TIS 连液相流动注射手动优化 611确定离子源喷口位置
8 开 Queue Manager 窗口：

9 点击 Equilibrate 衡钮选刚刚贮存方法文件设置预衡时间进行预先衡：

结果衡 5 10 分钟(确定 API 3000 外部 Gas2 开 7Lmin)
衡期间次检查离子源喷口位置确认气帘气挡板相位置正确
10 T 钮仪器处调谐状态
11 点击 Navigation Bar 中定量动优化菜单 Quantitative Optimization
选 FIA MSMS然选刚刚贮存方法文件作 Default AcqMethod Analyst 软件基操作培训教程

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选动进样器 Rack Code 样品盘型号Rack Position 盘号输入 Injection Volume 进样
量 Next
12 样品放动进样器架 Next
FIA 优化程中峰信噪应 201注意太浓样品会产生污染影响
低浓度样品分析
13 出现 FIA Target Compounds 目标化合物窗口选择 MRM 标离子构出
选标离子优化时优先级低 Next
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14 出现 FIA Source Parameters 离子源优化参数设定窗口里设参数验证
确定佳
Parameter API 20003200 API300040005000
Cur 303540 8101214
Neb NA 8101214
GS1 (TIS) 556570758085 NA
GS1 (HN) 253035404550 NA
GS2 (both sources) 556570758085 NA
IS (150020002500450050005500) both
NC (APCI) 300350400450 300350400450
Heater Should be left at 1
CAD 3456 3456

勾表示项参数进行优化具体测试数值面列出做间
隔选择优化参数重复进样次数( 4 次)确认总进样数进样总体积否
样品流动相否足够然 Next
15 跳 FIA Compound Parameters 化合物相关参数优化设定(时需)检查质谱 Mass
Spec采样时间否建立方法文件中时间相符 然 Finish 完成开始优化

*离子 Compound Parameters 中关参数进行 FIA 优化 Analyst 软件基操作培训教程

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16 数采集期间报告文档实时显示Analyst 记忆取值范围便次优
化：
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VI 液－质谱联定量分析方法批文件建立

11 调节离子源位置
1 HPLC 系统连接接柱子手动进样器液相泵 TIS 离子源连

2 选择 Project
3 开 HPLC 电源点击 Hardware Configuration激活 MassSpec HPLC 配置文件
4 文件菜单开针泵连续进样优化 MRM 质谱方法列表见质谱机参数：


5 修改现方法成液质联方法：
Acquisition Method 右角鼠标右键出现 AddRemove Device Method点击出现
话框：

液相泵动进样器柱温箱勾然 OK Analyst 软件基操作培训教程

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时泵动进样器柱温箱出现列表：

存贮质谱方法原 MRM 方法名加 LC 示区

6．先点击 T 双击 Navigation Bar Manual Tuning 开空白模板然文件菜
单开存带 LC MRM 质谱方法采集时间设 40 分钟

7． LC method 中设溶剂流速恒流 100 500 µlmin存次方法文件

注意：质谱采样时间应等液相总时间
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8．先调偏离子源喷口远离气帘气挡板中心孔 Start 启动带 LC 方法泵开始工作
9 离子源加温二开加热辅助气条件调节离子源喷口液滴气帘气挡
板溅开线边缘距气帘气挡板中心孔边缘少 23 mm
10．离子源调节带 LC 方法保存 Tune 中关闭窗口弹出 T
钮仪器工作 Normal 模式

12 建立 Acquisition Method 采集方法
1 激活软件 Acquire 栏利开 文件窗口选择前保存带 LC MRM 方法
2 点击 Acquisition Method 题头设置步方式确保 LC MS 设备时起动：LC Sync
3 点击 Mass Spectrometer 题头调出存 MRM 质谱方法点右键 MS Period 栏
增加外 Periods Experiments

4 点击 Autosampler 动进样器设定 Injection Volume 进样量 Injection Flushes 洗针瓶位
置 Analyst 软件基操作培训教程

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5 点击 Pump 泵设置适梯度方法注意总柱子衡时间梯度周期点击显
示设定方法梯度曲线图：

检查方法做终 Acquisition Method File 菜单 Save 功存起
注意 Acquisition Methods 扩展名 *dam果方法中错误Analyst 允
许存贮显示Acquisition Method Error

节里增加硬件配置指导教师询问关 AD阀柱温箱等选件

13 建立 Acquisition Batch：采集批处理文件
1 双击 Build Acquisition Batch 开空白窗口
2 Method Editor 中选择已建立带液相步质谱方法 Acquisition Method点击
Quick Quant 开定量信息窗口 Analyst 软件基操作培训教程

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a Analytes 节点击 Q1Q3 选择 MRM 离子
b Name 栏指定化合物名称果存 Periods Experiments
Data Source 中选择适
c 指定适滑次数(Number of Smooths)
d 标窗口选择意标 MRM 离子合适名称
e 点击命名 Quick Quant 方法
3 Quick Quant 栏中选择已建立定量分析方法
4 键入样品组名称覆盖指定样品组名称 Sample 队列处理数稍数
减少时明确唯名称重

5 点击 Add Set 然增加样品瓶 Add Sample 窗口样品数名前缀里加入浏
览选项允许特定文件夹送入数 (果现文件夹没合适建)
键入样品数 Number然点击 OK















6 步开动进样器位置表输入瓶位置
a 选择正确动进样器型号 Autosampler 正确设置
b 块空白处点右键选择正确样品板
c 空白处双击左键出现样品板圆圈图 圆圈代表相应瓶位置
d 通点击瓶位置样品序图示出住 shift 键点击第
瓶位置样品动填充
e Autosampler 项左边两图标允许方式填充样品：输入正确位置信息
前点击该图标实现需样品填充方式第三X 图标允许清板原信息
重新开始
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f 通住 Ctrl 键点击瓶位置实现瓶次进样点击次数进样
次数

7 现进入 Quantitation填入样品类型浓度

Quant Type(定量样品类型)栏拉选择 Standard(标准)Blank(空白)QC(质控
样)Double blank(第二空白) Unknown(未知样)
标浓度指定 1 处理程更简单样品定量类型选定全部标准 QC 样
品设置填入合适样品浓度 Analyst 软件基操作培训教程

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8 开 Submit (提交)检查 Submit 钮否灰色果检查提交设计
什缺少信息填点击 Submit样品加入分析队列样品中





















9 开 Queue Manager检查样品队列应出现：

注意：批处理设置 Submit 前编辑提交改变实验设置应重新提交改
动设置会影响已提交实验提交 Submit 页双击住表中左边数字拖拽
改变样品序右键点击述样品栏选项窗口提Fill Down 选择栏
填入数值Auto Increment 选择栏数值会动序增加输入
输出 Excel 样品列表(参见关 Excel ImportExport 章节)样品已 Submit 做
试验 Analyst 软件基操作培训教程

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11 利沙漏图标仪器置 Standby 状态
12 点击 Standby 图标左边 Equilibrate 图标预热仪器选择 Method输入预热 MS 时间
周期点击 OK

13 仪器衡 Status Bar 变绿点击 Acquire 菜单中 Start Sample 钮开始样品分
析

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VII 定量分析方法建立数分析
教程描述质谱新户 Analyst 软件进行定量分析部分练步骤指南利
前实验室收集样品数采离线方式户模拟练定量分析程序定量处理方法两部
分：快速动定量处理手动处理

1A： Quantitation Wizard (定量分析导航器) 建立定量数分析方法
1 Project 中选择 Example
2 Navigation bar 中双击 Quantitation Wizard 定量导航器出现样品数文件选择窗口：

3 双击左边窗口 Available Data Files (数文件)中 QuantDatawiff中间窗口会出现
Available Samples(样品)数文件名选中样品名右箭头样品文件会加右
边窗口 Selected Samples(选中样品)导航器选中样品进行处理 Batch 里数
文件列表中选定处理数加右边果 QuantData选 Add All然点
击窗口底部 Next移步
4 现 Select Settings & Query 窗口开窗口中 Settings to Use 设 Default
Default Query None点击窗口底部 Next 移步 Analyst 软件基操作培训教程

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4 现 Select Method 窗口开三选项：Choose Existing Method (
前 Project 中选种现成定量数分析方法)Create Automatic Method (选定数
文件中动进行设置积分参数然峰面积进行动积分) Create New Method(建
立新方法全部手动设定)选定数建立方法选 Create New Method 选项
命名 Training点击窗口 底部 Next 进入步

5 出现新窗口选代表性样品(Select Representative Sample)窗口中选中间浓度
数 QuanDataWiff 中 API3013点击窗口底部 Next 进入步

6 现峰定义(Define Peaks)窗口出现果标话标(Internal Standards)部分
Name 格定义名称 Q1Q3 格 MRM SIM 值选出例中标命名
internal std MRM 值 42002200
批处理时样品定量信息中 Name(命名)应该正确反映化合物名称果该信
息没请输入批处理表现表格标化合物命名标峰积分
标浓度必须输入终结果
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7 Period 1 中定义测物(Aanalytes)名称 MRM SIM 值输入标名（
话）例中测物命名 analyteMRM 值 40002000果前表格没名称
化合物重新命名测物峰积分测物浓度必须输入终结果表
果采集数前 Quick Quant(快速定量) 没名称会出现果 Quick
Quant 填入浓度信息名称出现面菜单中果新数稍结果
表中填入浓度点击窗口底部 Next 进入步


8 定义默认滑值 0（稍方法中定义）
9 外 Experiments Periods选 Experiments Periods 号重复 68 步骤然
选择 Next
10 定义积分 Define Integration 窗口开：第峰标时基线噪声已定义
峰动积分该标峰定义 RT Window(保留时间窗口) 30 sec

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果峰没动找利窗口左角图标选择底范围选定峰

11 点击 Advanced 开 高级积分参数选
项选定 Bunching Factor (成束子)
2 Number of Smooths(滑点数)
2确信浓度单位标准品致例
ngml点 OK 查新峰积分







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12 鼠标拖拽查新峰积分垂直方放基线果新峰积分参数合适选 Next
积分峰

















13 该定量方法中峰重复步骤 1013教程中外样品峰该峰
说 Advance 高级积分窗口中 Bunching Factor 2Number of Smooths 3确信
浓度单位 Concentration units 标准品致ngml定义完测物积分参数点
Next 移建立定量方法阶段
14 窗口 Specify Calibration(指定标定方式)中定义 Fit(拟合方程) Linear(线
性)Weighting(加权) 1xRegression parameters (回参数)基 Area(峰面积)

15 选择 Finish 完成定量方法建立原始样品文件加步骤 2然动积分产生结
果

16 存储新结果表 Training_Manual果没 Results 文件夹存表格前建
Results 新文件夹


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1B：已建立定量数分析方法分析数
1 果没预先存定量方法前采集数快速定量方法分析该方法允许
Analyst 动定义许积分方法参数结果表中细调
2 Navigation Bar 中双击 Quantitation Wizard 定量导航器出现样品数文件选择窗口：



















3 双击左边窗口 Available Data Files (数文件)中 QuantDatawiff中间窗口会出现
Available Samples(样品)数文件名选中样品名右箭头样品文件会加右
边窗口 Selected Samples(选中样品)导航器选中样品进行处理 batch 里数
文件列表中选定处理数加右边果 QuantData选 Add All然点
击窗口底部 Next 移步
定量方法产生样品数文件中必须含标准峰信号
柱子稳定保留时间
4 Default Values 跳 Query and Settings 窗口点击 Next出现 Select Method 窗口点
击 Choose Existing Method 选前建立定量方法然点击 Finish张包含 MRM
图积分相应样品类型浓度信息结果表
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2 查编辑定量结果
21 查编辑结果列表中列取消 Audit Trail(稽核踪)原设定
1 Review Results Table 中开前存储 Example Project 结果列表 Trainingrdb 文
件


2 结果列表左角点右键出现新菜单选择 Table Settings选择 Edit



3 Table Settings 中选择 Audit Trail点击 Edit Analyst 软件基操作培训教程
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4 Audit Trail Settings 窗口中理加入掉(New Reason or Remove) 更具体
说明客户理（允许者详细说明理）教程鼠标左键掉 Prompt user
for reason 钩掉 Audit Trail prompt 会次结果列表调整时出现
结果列表中改动会记录 Audit Trail 表中记录理选择 OK 新设
定Table Settings 窗口出现


















5 选 Columns 然 Edit出现 Results Table Columns (右图)：

拉菜单中 columns 分 6 类：Sample(样品)Analyte(分析品)Internal Standard
(标)Record(记录容)Formula(公式) Custom(客户定义容)拉菜单中
选择 Sample 然结果窗口中掉 Sample ID 钩

6 拉菜单中选择 Analyte 掉 Analyte Peak Height 钩 调整 Analyte Peak Area &
Analyte Concentration 精度 Precision 3 5显示信息精度 5 位数字

7 选择 OK 然 Done 返回结果列表

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22 查校准曲线
1 查校准曲线两选择：Calibration – Window(结果列表覆盖开新校准
曲线窗口) Calibration Pane (结果列表窗口部开校准曲线窗口)选择
Calibration – Window 图标查校准曲线：

2 校准曲线窗口测物校准曲线分查( Analyte 拉菜单中)时
数回(regression)改变例 Analyte 拉菜单中测物单击 Analyst 软件基操作培训教程
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Regression 钮改变回方法设定 Regression Options 窗口拉菜单中Fit (回方
程) 设 QuadraticWeighting 设 None点 OK 观察变化


3 新回设置曲线r’(相关系数)值发生改变新设置点 Accept
选 Revert 回先前设置然关闭校准曲线窗口


23 查峰积分更新积分方法

1 查峰积分两种选择：Peak Review – Window Peak Review – Pane Tools 菜单
中选 Peak Review –Pane （击活数粗体显示）










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2 Peak Review Pane 中单击鼠标右键新菜单中选择 Options出现 Peak Review
Options 新窗口


3 Appearance 部分设置时显示数目： Analyst 软件基操作培训教程
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Num Rows： 1
Num Columns： 2

4 Automatic Zooming 部分选择 Zoom intensity of axis to 100 of largest peak Zoom
time axis to view peak to a 200min (Figure 211) 选 OK 应新设置

5 现查峰积分窗口已变新设置选择 Show or Hide Parameters 查峰积分参
数



6 调节 Peak Review Pane 便观察方法：鼠标指 Pane 边缘出现双箭头
拖拽屏幕窗口放缩

7 选择 Expand Active Graph 图标激活色谱图 (色谱图头粗体字) 展开
8 改变 Bunching Factor Num Smooths 值选 Apply 钮峰新参数重新积
分
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9 选定 Accept 钮激活数文件新积分参数取代原积分方法例中选定
Accept 新积分参数接受新积分参数 Results Table 中该样品 Record Modified
格钩 原积分方法果新积分参数应 Results Table 中
数文件 Peak Review Pane 中单击鼠标右键菜单中选择 Update Method
数文件新方法积分老积分方法覆盖
查结果表时利定量工具条 Modify Method 图标更新方法选
择种方法时化合物积分参数曲线化合物信息分改
10 需手动积分选择 Manual Integration Mode住鼠标拖拽包含色谱峰区域

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11 Peak Review Pane 中单击鼠标右键新菜单中选择 Revert to Method原
积分参数 Peak Review Window 中显示修改数文件API3013鼠
标右键选 Sample Annotation 键入 Training Alteration点 OK修改数文件注释
印该数文件色谱图
12 PeakReview Window 处分散状态时单击鼠标右键选择 Slide Show Peak Review
设定幻灯片形式浏览色谱峰改变延迟时间 2 秒 Review Peaks 图标
(绿色圆指示灯)现色谱峰 2 秒间隔动逐页显示


13 停止浏览 Cancel 图标(红叉)暂停 Paused(红方)回第页 Go to
first page (双红箭头)色谱峰红箭头

14 印前页全部选 File－Print－Print Window印前色谱图选 File－
Print－Print Pane


24 查统计表
测物统计资料定量模式中通选择定量工具条 Statistics 图标显示
1 选择 Statistics 图标统计窗口出现：
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2 选择 Statistics Metric 处 Concentration测物着合适 Analyte Name 分开
查标准品 QC 样品合适样品类型分开查

25 建立执行 Query
1 结果列表左角单击鼠标右键选 Query－New新 Query Edit 窗口出现：

2 Field Group 中选 Record Field 中选 Accuracy Field Group 面格中选 is less
than 右面键入 90选 Add 存储部分 Query
3 重复步骤 2 is less than 改 is greater than 右面键入 105选 Add 存储部分
Query
4 Query Edit 窗口中通涂黑左边行中间 And 点右边 Or And 改 Or
Name 格中键入 Acurracy Test 然选择 SaveExecute 结果列表中存储执行 query Analyst 软件基操作培训教程
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结果列表审问精度低 90 高 105 数结果列表中显示查原始
样品数结果列表选择 Show All Samples

26 建立执行分类
定量中分类窗口数文件指定格式动排列建立分类种分类中数
连续三次排列
1 结果列表左角单击鼠标右键选 Sort New新 Sort 窗口出现：

2 第次分类第格 Group 中选 Sample接着 Column 格中选 Sample type选
Descending 作分类序 Group 格中选 AnalyteColumn 格中选 Analyte
concentration重复述步骤选 Ascending 作分类序
3 Name 格中键入 Sample typeconcentration Save Execute 时存储运行分类 Analyst 软件基操作培训教程
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数文件分类参数重新排列：


27 建立执行度量图表(Metric Plot) 公式
271 建立执行度量图表(Metric Plot)
定量中 Metric Plot 窗口允许动绘制结果列表中彼相两栏数建立度量绘
图 典型绘图形式面批样品分析色谱图说明进行

1 结果列表左角单击鼠标右键选 Metric Plot－New新 Metric Plot 窗口出现： Analyst 软件基操作培训教程
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2 度量图表窗口中X Axis 格 Group 选 Internal Standard面 Column 选 IS Peak
Area Y Axis 格 Group 选 Internal Standard 面 Column 选 IS Peak Height
3 Name 格中键入 Column test Show 格中 Regression 选 Linear Save Execute
时存储运行度量绘图张标峰高峰面积度量绘图出现















4 度量图表中右键选 Point Legend图例列表便出现左侧：

272 公式 (选部分)
公式栏结果列表栏里处理数利类似 Microsoft Excel 程序电
子制表软件数学公式结果数进行处理面例子次利批样品分析色谱图
说明进行
1 结果列表左角单击鼠标右键选 Add Formula Column新 Formula #1 栏出现
结果列表列
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2 单击 Formula 格结果列表左方 formula 栏键入 IS Peak AreaIS Peak Height’ 然
回车存储该公式数 IS Peak Area 动 IS Peak Height商值 Formula 列
显示

3 双击 Formula 格New Title 窗口出现更改 Formula 名称结果列表左
方选 Delete Formula Column 删 Formula 格

存储结果列表格式改变利结果列表中单击鼠标右键弹出菜单选
Export to New Table Settings New Title 窗口键入名称建立新定量方法时
列表设置 Analyst 软件基操作培训教程
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VIII 质谱数定性分析
教程通组实验资料练帮助新质谱操作者熟悉 Analyst 软件 Explore 部
分时利软件提供实验资料户熟悉采集 LCMS 数进行离线条件定量
分析户选择种图形资料表格显示操作处理资料进行种操作然实现
操作途径种里提供种途径

1 开 TIC 数文件谱图图块处理图块工具栏图标

11 色谱图中开质谱图
先选 Example Project然 Navigation Bar 中双击 Open Data File
1 开数文件 gen01 TIC 图会出现：

2 x轴面约 40 min 位置点住鼠标左键然拖约 50 min 位置范围 TIC
图放 4322 minute 峰左边点住鼠标左键然拖峰右边选中峰双
击选中区域产生新谱图者通点右键选择 Show Spectrum 产生新谱图：


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12 Explore 窗口中熟练操作图块(Pane)
Explore 窗口右角图块工具栏图示中包括：Move Pane 图
块Delete 图块Lock 图块Hide 图块Maximize 图块 Tile 图块工具条时处
理两图块时




1 外选中（高亮显示）TIC 图中 4660 minute 峰 然双击高亮显示区域生成新
谱图结果应该面相似

2 单击 Move Pane 图标 (颜色变灰色)然点中面图块([点中结果会 图块
周围出现环绕蓝色边框高亮显示状态) 游标移蓝色边框时会出现带箭头
十字游标点住左键移动游标会出现灰色方框方框移动窗口中
间松左键完成更换面两图块位置(交换两位置)





3 现点中面图块拖动灰色方框中间图块左侧样完成两图
块 行排列图 Figure 14 示窗口分开





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4 果想取消 Move Pane 操作模式需重新单击该图标图标灰色表示已取消
Move Pane 操作模式
5．选中面色谱图单击 Home Graph 图标全部显示色谱图


图块工具栏

隐藏图块：高亮显示底部右手边图块 选择 Hide pane 图标台工作
时显示剩两图块

化图块：高亮显示部 TIC 图块选择 Maximize panes 图标图块显
示前台

Tile 图块：选择 Tile panes 图标窗口回图 Figure 14 原始位置

锁定图块：锁定窗口面图块通选定图块 Lock pane 图标时图块
移动窗口改变取消锁定选择次 Lock pane 图标

删图块：次选中面两图块点 Delete Pane 图标关掉两图块


13 定义背景谱图(底)增减处理谱图资料
1 TIC 图高亮显示 445 minute 范围背景区域 shift 键时高亮显示外
段 460 minute 范围背景区域单击鼠标右键选择 Set Subtract Range两段选定背
景区域变绿色 Analyst 软件基操作培训教程
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2 高亮显示 4523 minute 左右色谱峰双击开质谱图块谱图已
445 460 minute 区域背景减切

3 TIC 图中点击鼠标右键选择 Clear Subtract Range前面选定绿色背景区域马
消失
4 拖动 4523 minute 峰蓝色选定区域放 4650 minute 峰然底部图块出现
4650 minute 峰没背景扣质谱图
5 选定高亮显示外段 460 minute 峰附背景双击区域产生新
背景质谱图 选底部 4650 minutes 质谱图然选 Subtract 图标点中
间定义背景质谱图时背景 4650 minute 质谱图扣掉


14 图块中重复扣添加资料
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1 两谱图图块高亮显示窗口底部图块高亮 Overlay Pane 图标选中窗口中
间谱图图块时底部图块中间图块谱图资料会重叠起显示红色
种操作结果 图块中时包括两组谱图资料组处激活状态


2 Cycle Overlays 图标两组数间切换激活状态

3 图底部图块中 Remove Overlays 图标没激活组数删
掉时留标着峰值组资料

4 图中重叠图块选定时点击 Sum Overlay 图标两组数
实现加显示包含两组资料新谱图出现


相应Add Data 图标数加起选中第质谱图选择
Add Data 图标然选择第二质谱图样第张图谱添加第二张图谱中
第二张图谱处显示两张图谱加数
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出现结果然两组资料叠加结果图：

15 两图块谱图相互关联：

关闭然重新开文件 gen01 TIC 图中高亮显示 4322 峰双击开质谱
图图块高亮显示 4660 峰双击开第二质谱图图块

选中底部质谱图点击图标 Link pane然点击中间图块谱图时两谱图
联系起说谱图放缩范围时外谱图会时作相应改变

取消两图块相互关联选择 Remove pane linking 图标坐标（标
Intensitycps）左边双击鼠标横坐标（标mz amu）边双击鼠标相
应坐标轴回初视图范围

2 图形信息窗口
图形信息窗口显示图块 Plot Selection 窗口
Plot Selection 显示信息：

X轴起始终止数值
X轴 point number 范围 (组资料起始终止数值)
Y轴选择值
Y轴 point 值强度(范围强谱峰) Analyst 软件基操作培训教程
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举关 Graph Info 窗口例子开 gen01 选 430 minutes 处峰双击生成
谱图谱图图块化通 X轴选择放 926 amu 峰 Analyst 软件中
View 拉菜单中选择 Graph Info Window 图标光标移动半峰高位置拖选
926 amu 峰时候 Graph Info Window 会显示选范围信息(例中显示信息
关 926 amu 峰基光标选定半峰宽)

3 色谱图块 中鼠标右键

命令总述

List Data 显示谱峰数色谱图积分


Show Spectrum 生成新应色谱图图块中光标点谱图


Extract Ions 提取组离子生成新应色谱图


Show Base Peak 生成新基峰色谱图


Show ADC Data 采集生成新紫外色谱信号


Save to Text File 生成 text 文件 Excel 等中开

Add Caption 光标选中位置添加标题说明

Add User Text 光标选中位置添加文字框

Set Subtract Range 图块中设定扣区域(底)
(Section 13) Analyst 软件基操作培训教程
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Clear Subtract Range 图块中取消扣区域设定(底)
(Section 13)
Delete 图块 删选定图块 (Section 12)

31 List Data

1 开文件 gen01 右键菜单中选择 List Data (样操作通选 List Data 图标实
现)时候会生成两新表格文件 gen01 色谱图积分默认表格显示
数点强度相高峰强度百分

2 底部图块中选择第二页 Peak List 表格列出图谱中显示色谱峰列
表 Analyst 软件基操作培训教程
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3 Peak List 表格中点右键选择 TurboChrom 参数选项改变 Bunching 值 3 选
OK色谱文件 gen01 会新 Bunching 值积分

更选项通 Analyst 软件 Tools 菜单 Settings 中选择 Processing Options 窗
口选择 TurboChrom 标签
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32 色谱图中引出离子：
1 文件 gen01 开鼠标右键点 Extract Ions 选命令输入引出离子两组范围：
514515 10351037选 OK

窗口中会出现两新图块显示求范围样操作通 Extract Ions
图标实现

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33 生成基峰色谱图
1 删底部两图块图 Figure 36然点鼠标右键菜单中选 Show Base Peak
Chromatogram 选项者选 Base Peak Chromatogram 图标基峰色谱图选项出现：

2 显示默认选项选 OK 窗口底
部会出现新基峰色谱图图块(基峰
色谱图选定质量范围改变颜色色
谱图)通 Analyst 软件中 Tool 拉
菜单中 Settings 菜单 Appearance Options
中改变灰色红色：


中基峰相应变红色

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34 添加标题文选项目
1 回原始 gen01 文件选定 15 – 20 分钟区域扩展基线 移动光标图形中~1700
min 色谱峰左右点鼠标右键选择 Add Caption 选项输入Caption Test’接着移动
光标图块中右部然点鼠标右键选择 User Text输入User Text’

2 窗口 X Y轴方双击回原始添加文然图块原位置标
题然峰应位置见图：

3．击鼠标右键选择Caption Test’文字框选 Delete 删文字框样点击鼠标
右键选择User Text’文字框选 Edit 然 Font 编辑字体窗口出现
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4 质谱图块中鼠标右键

命令总述：

List Data 显示谱峰数色谱图积分(Section 31)

Show TIC 生成新原始总离子流色谱图(TIC)

Extract Ions 提取组离子生成新应色谱图

Save to Text File 生成 text 文件 Excel 等中开

Add Caption 光标选中位置添加标题说明
(Section 34)

Add User Text 光标选中位置添加文字框(Section 34)

Show last scan 显示次选择前扫描

Delete 图块 删选定 图块(Section 12)

41 TIC 谱图图块中引出离子
a 开 gen01 文件然选择~ 415minute
色谱峰双击生成质谱图
b 谱图图块中高亮选择 475 – 660 mz
范围右键拉菜单中选择 Extract
Ions(Use Range)包括引出离子色
谱图（XIC）新图块出现底部
范围中离子选择
c 选择~ 415minute 色谱峰双击生成
质谱图然高亮选择 1000 – 1200 mz
范围右键拉菜单中选择
Extract Ions(Use Maximum)包括
引出离子色谱图(XIC)新图块出现
底部范围中丰度高离子选
择1053 amu Analyst 软件基操作培训教程
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d 已开质谱图中开原始 TIC 副选择第二图块右键中
选择 Show TIC 图标样原始 TIC 副显示选定质谱图面

5 Explore 工具栏中余图标
命令综述：

文件中显示前样品数

进行背景扣操作

新窗口中复制图形数

选定图块中图形滑操作

数中扣基线

峰形图变棒状图

数组设定阀值

数组执行噪音滤操作

质谱图中图块数文件显示文件信息

前选定峰面加箭头标记

删掉加箭头标记

图形文件 X 轴起始处添加补偿值

选定峰强制标峰

定数值图形数 Y 轴放

取消先前进行 Y 轴放

设定段选择范围

图块中视图中丰度强峰规格化

显示数操作历史


51 显示数文件信息 Analyst 软件基操作培训教程
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1 首先 Analyst 软件中 Tools 菜单 Settings 中开 Appearance Options选定 File
Information Options 标签中方框选项全部选中














2 开 gen01 文件相应选择 Show File Info 图标窗口中出现包括
实验参数新图块

3 删文件信息图块选定文件信息(底部图块)实验参数图块 (中间图块)
工具栏中选 Delete pane 图标

52 前选定添加删箭头

1 开数文件 gen01 高亮显示~ 40 ~ 50 minutes 范围双击高亮范围开
新图块高亮显示~650 ~ 850 amu 范围选择 Add Arrows 图标段范围中
高峰标红箭头谱图中峰高峰差值重新标定
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2 现高亮显示第二块范围~ 900 amu ~1100 amu点选 Arrow 图标段范围中
高峰标第二红箭头峰两红箭头差值重新
标定
















3 选择 Remove all arrows 图标删箭头：

53 数滑处理
数滑处理数点前数点均值代滑数组
代前数组数进行次滑处理
1 关掉 gen01 数文件 Example project 中找 QuantDatawiff然开文件 API3
013
2 选择相应滑 Smooth 图标 Smoothing
Options 菜单出现定义滑操作样
进行
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3 选择默认参数然点 OK时数滑处理注明
4 重复步操作两次峰形状峰肩会变化
滑处理前 滑处理

54 执行定义阀值操作
图块中噪音阀值定义通条 X 轴行线表示 Y轴蓝色三角形标
志

观察效果数文件 gen01 中选择 Threshold 图标峰定义噪音基
线标记峰值

Analyst 软件 Edit 菜单选 Undo 取消定义噪音操作 移动 Y 轴蓝色三角形
移动调节定义噪音状态 Analyst 软件基操作培训教程
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55 中心开质谱图
命令轮廓峰宽中心峰定义数点中心点峰强度前轮
廓峰强度致
1 Analyst 软件 Tools 菜单中 Settings Processing Options 中选 Centroid 标签出
现话框：

Merge Distance：数值峰予处理

Minimum Width：峰间距数值会合起

Use Peak max for X value：选中方框图块中高峰
定义处理峰 X 值



2 开 gen01 文件生成 398 分钟峰质谱图选择 Centroid 图标 Merge Distance
中值设 10 然选择 OK 生成中心点定义谱图

56 基线扣噪音滤

命令组数中常数基线扣 Analyst 软件中 Tools Settings 中
Processing Options 选择菜单 Baseline Subtract 图标参数选择话框出现话
框相应图块中设定谱图窗口宽度算法实现分 5 步基线扣滑

基线扣：


噪音滤：

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噪音滤宽度滤底 Noise Filter 中设定值尖峰噪音滤掉














观察背景扣噪音滤效果开(回)gen01 文件选择述 Baseline
Subtract 图标 注意图形变化标记Baseline Subtracted


Analyst 中 Edit 拉菜单选择 Undo 恢复

观察 Noise Filter 效果通 Explore 工具栏中选择 1 分钟宽度文
件 gen01 TIC 图噪音滤标记



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58 Y 轴缩放图块
1 重新开文件 gen01 Set Selection 图标 选起点 15 终点 25范围
1525 minutes 选择
2 选择 Expand Selection by 图标选择 Expansion Factor 4 范围 1525
minutes 放 4 倍 Analyst 软件基操作培训教程
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3 Analyst 中 Explore 菜单 Expand option 选项中选 Selection范围 1525 minutes
强峰放例 5 倍

4 取消放范围选择 Clear Ranges 图标

59 Explore 中处理 Singlewiff 文件包含数文件
Analyst 软件种类型文件捆绑 wiff 文件 Explore 中种方式
捆绑文件滚动开

1 Example 项目中找 QuantDatawiff 文件开 API3013
2 Show Previous Show Next Sample 图标 移动 API3016 数文件
3 选择 Normalize To Max 图标 数文件峰规格化图块中进行标
峰
















4 Copy Graph to New Window 图标新窗口开图块副
Analyst 软件中 Explore 菜单 Duplicate Data 中选 In New Window 选项

5 新窗口两交叠谱图组成蓝色 400200 谱图处选中状态窗
口中选中数通选 Offset graph with an Xaxis 图标设 05 分钟补偿
值






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IX Import and Export with Excel 教程

做练前先熟悉 Tune Acquire 指南

A Batch Editor 输出输入 Excel
11 指南出输出部分完成样品批处理 Excel 作基础首先点击 Navigation
Bar Build Acquisition Batch 开空白样品批处理窗口出现空白模板键
入名称快速定量方法(Quick Quant method)采集方法(Acquisition Method)然点击 Add
Set Add Samples 例中Add 25 new samples Analyst 软件基操作培训教程
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12 格填入样品瓶位置数量信息种进样方式优点样品架样
品盘装满样品 Excel 表中般样品位置进行校正时定量表项填入
样品类型旦信息输入 File 拉菜单中选择 Export文件存文
（_txt）格式

13 Microsoft Excel 开桌面 Exporttxt 文件复杂 Import 屏幕出现点击
Finish 纽
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14 时 相关样品信息电子表格开列方法编辑首行标题点击首行
标题单元 headerSampleName 移走 header 剩SampleName空格工作表
标题右部 ~peakcon# peaknam# nam 应样品名 con 应浓度 con 栏填
入浓度信息改正样品瓶信息

15 Microsoft Excel format 30 or 40 中文件保存桌面存dabimportxls

16 返回 Analyst Build Acquisition Batch 中开空白模板击 Acquisition Method
纽右键选择 Import

选择 Excel 文格式找前保存 dabimportxls
开该文件提示出现时选择适动进样器
现完整 sample batch 准备提交 queue

B．结果 表格中进行 Importing Exporting

定量程序中(quantitation processing)开结果表格文件 Analyst 软件基操作培训教程
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菜单中选择 Export 该文件保存桌面存文文件(_txt) Excel 中选择 All File
Types 开该文件 Text Import 提示窗口出现时选择 Finish

样基该结果表格完整报告 Excel 中开： Analyst 软件基操作培训教程
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X 3Q 仪器维护简明手册

死机处理 9 步骤

a Analyst 软件中 Hardware Configure 重新 deactive Active
b CTRLALTDELWindows 务理器结束务关掉 Analyst 软件然重新
开 Analyst
c 关掉 Analyst 软件Stop Service 重新开 Analyst 软件
d 重新启动控制仪器电脑重新启动 HPLC active
e Stop Service 进入 Scu21exe 中 Clear GPIB Bus
f Stop Service 进入 Scu21exe 中 Reset System controller
g 时电源旁边两扭 Reset
h 重新开关仪器总电源
i Stop Service 进入 Scu21exe 中Download Firmware：M3XXXM4XXX

说明：步行步定 7 步需做完

2 仪器电路模块图：


3 开诊断软件：

路径：C＼Program Files＼Analyst Service Diagnostics＼AnalystServiceDiagnosticexe者查找
AnalystServiceDiagnosticexe
1Stop service
2运行 AnalystServiceDiagnosticexe
3Instrument ——>APIXXXX ——>Rolling On

说明：开诊断软件请工程师指导进行意更改参更参数 offline
意改 online
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4 离子源喷口 orifice 位置：

影响分子泵寿命
引起 orifice 堵塞skimmer Q0 脏
增加灵敏度反稳定性降

喷雾口 ORIFICE 位置确定方法(API3000API2000)

1离子源位置先调偏
2 Analyst 中 active 带 LC Hardware Configuration
3 Manual Tuning 中 Temp 设 0离子源加热
3 GAS2 流量设 0加热辅助气开
4开 HPLC Analyst 中设流量run time 5 min
5 Start run
6调离子源 XY 位置喷雾口 ORIFICE 位置正确

正确喷雾口 ORIFICE 位置：
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5 维护计划：


6 机械泵维护：

1 三月更换机械泵油
2 公司油混合：会损坏机械泵
3 更换公司油时：必须新油先洗次

Varian 油购买V209038
Leybold 油购买WC010998

7堵判断处理方法：

1进样 spray tube 堵塞：
a Syringe 推：直线喷出——没堵塞
b 堵取 50 水50 甲醇超声
c 超声效更换进样 spray tube
2Orifice 堵塞：
现象：灵敏度降真空度异常
处理方法：a 50 水50 甲醇清洗 orifice 外部
b 解决问题时清洗 orifice 部

8．空气滤网清洗：

* 空气滤网堵影响机器部电路板散热
* 严重时仪器停止数采集

三月取出尘破损更换新滤网

API3000 滤网 PN：1003712
API4000 滤网 PN： 1003712 Analyst 软件基操作培训教程
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9．清洗 Curtain PlateOrificeSkimmer Q0：

清洗 Curtain Plate：尘纸加甲醇擦洗
清洗 Orifice 外部：拆卸 Curtain Plate 尘纸加 50 水50 甲醇擦洗
清洗 Orifice 部Skimmer Q0：

a 停 API 机
b 15 分钟停机械泵
c 拆卸 Curtain Plate
d 拆开 Interface拆卸 skimmer
e 200ul 加样枪头加 50 水50 甲醇擦洗 Orifice 部
f 尘纸加甲醇擦洗 Skimmer Q0

10．定期做质量校正：
仪器质量正确条件保证分析结果：

什做校正：1负离子：PPG3000 10ulmin
2正离子：110 PPG 5ulmin (API3000)
150 PPG 5ulmin (API4000)
什时候做校正：1次重新开机
2关机时三月

校正时：请注意 CEM 电压增高

11．PPG 标准试剂准备：








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12．延长分子泵寿命：

喷口离 Orifice 位置远
样品干净
机械泵油常更换
分子泵散热量充分

13．常部件号：


14．常工具列表：

十字螺丝刀
字螺丝刀
活动扳手（拆装液氮罐气体减压阀）
活动扳手
¼516 呆扳手
Peek 切器
数字式万表 Analyst 软件基操作培训教程
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Kimwipes 尘 纸
1510mm 公制六角扳手
手电筒
粉尘次性手套

常试剂列表（均色谱纯）
HPLC 流动相添加剂：
甲醇
乙腈
离子纯水
乙酸
乙酸铵
甲酸
清洁试剂
5050 水甲醇
甲醇
正烷


XI 3Q 仪器开关机步骤

关机序

1．关掉仪器电源开关停止真空泵系统
2．机械泵继续工作少 15 分钟
3．关掉机械泵电源开关
4．等少 10 分钟仪器然卸真空
5．通仪器部真空接口卸掉全部真空
API20003200 & QTrap 放气口卸真空

开机序：
1．开机械泵电源开关
2．机械泵继续工作少 15 分钟
3．开仪器电源开关
4．等系统真空达 12×105 Torr 正常操作仪器扫描API150165：24×105
QTrap 检查低中高设定 234×105

注意：
操作程序适停机时间少 2448 时仪器配置 TW700 分子泵 API4000
仪器安装 TW700 分子泵更换首次开机操作 API3000 配置 TV801 分子泵
API4000 仪器安装 TV801 V550plus V551 分子泵更换首次开机操作必须首先
进行相应分子泵软启动操作程序


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